Zatímco designové změny se týkají jenom světel, zadního blatníku a podsedlové části, pod kapotami se odehrála větší revoluce. Pět rychlostí v převodové skříni už zkrátka nestačilo, a Yamaha místo toho, aby přidala chybějící šestku, rovnou postavila novou převodovku včetně spojky. Díky tomu nejen ušetřila necelých půl kila na váze, ale vešla se do stejných rozměrů jako u stávajícího pětikvaltu.
Zvýšením počtu rychlostí se změnily poměry v převodovce, a z toho by měla vyplývat lepší akcelerace, nižší potřebné otáčky pro danou cestovní rychlost a potažmo i menší spotřeba. Výrobce v této souvislosti slibuje také větší dynamiku a sportovnější zážitek z jízdy. Tomu by mohla prospět i nová antihoppingová spojka zvaná Assist & Slip, která kromě prevence zablokování zadního kola při razantním podřazování navíc usnadní práci s levou páčkou.
Na pohled se novinka - zepředu i zezadu - nejvýrazněji odlišuje novými světlomety, kompletně osázenými LED technologií. Důvod je zřejmý; víc světla při menší spotřebě energie. Nové FJR také "uvidí za roh" - díky adaptivním světlometům, které se rozsvítí když je motorka v náklonu. Tři přidané LED diody nad každou polovinou předního světlometu budou součástí výbavy u verzí AE a AS, a rozsvítí se na základě informací řídící jednotky IME, která mimo jiné vyhodnocuje i úhel náklonu. Systém pracuje nezávisle na tom, zda jsou zapnutá dálková nebo potkávací světla, a dávkuje intenzitu přisvěcování podle hloubky náklonu.
Mírně upravený je také tvar nového zadního LED světla, které je v porovnání se současným modelem o něco širší.